주 예수 그리스도께서 복음에서 “나는 내 어린 양들을 알고, 그들도 나를 안다”고 말씀하신 것처럼, 성 프란치스코는 참된 목자로서 자신의 동료 형제들의 공로와 덕행을 하느님의 계시를 통해 모두 알고 있었다. 그는 그들의 결점까지도 통찰하여, 교만한 자는 낮추고 겸손한 자는 들어올리며, 악은 꾸짖고 선은 칭찬하는 방식으로 각각에게 최선의 영적 조언을 제공하였다.

이러한 특별한 계시에 관한 많은 이야기 중 하나로, 성 프란치스코가 형제들과 함께 어느 수도원에서 하느님에 대해 담화를 나누고 있었을 때, 루피노 형제는 그 자리에 없었고 숲속에서 관상에 잠겨 있었다. 그러나 잠시 후, 루피노 형제가 숲에서 나와 그들 근처를 지나갔다.

그 모습을 본 성 프란치스코는 동료들에게 물었다. “너희는 이 세상에서 하느님께 가장 성스러운 영혼이 누구라고 생각하느냐?” 형제들은 주저 없이 “당신입니다”라고 대답하였다.

그러자 성인은 말하였다. “가장 사랑하는 형제들이여, 나는 세상에서 하느님께 가장 보잘것없고 비천한 자이다. 그러나 저기 숲에서 나오는 루피노 형제를 보아라. 하느님께서 내게 계시하셨다. 그의 영혼은 이 세상에서 가장 거룩한 세 영혼 중 하나이다. 내가 분명히 말하건대, 그가 아직 살아 있으나 나는 그를 ‘성 루피노’라 불러도 두렵지 않다. 그 영혼은 은총 안에 굳건히 머물고 있으며, 이미 하늘에서 주 예수 그리스도께 의해 시성되었기 때문이다.”

그러나 성 프란치스코는 루피노 형제 앞에서는 이 말을 절대 하지 않았다.

성 프란치스코가 형제들의 내면 결점을 알았다는 또 다른 사례로는, 교만함으로 인해 자주 책망받은 엘리아 형제가 있으며, 조반니 델라 카펠라 형제에게는 그가 훗날 스스로 목숨을 끊을 것이라 예언하였다. 또 어떤 형제는 불순종으로 꾸지람을 받던 중 악마에게 목이 조이는 현상을 겪었고, 이 외에도 많은 형제들의 숨은 결점과 덕행을 성인은 그리스도의 계시를 통해 분명히 알아차렸던 것이다.